Limnología

El sistema hídrico de Cajas corresponde a lo que se conoce mundialmente como Ríos Altoandinos; los mismos que presentan carácterísticas particulares de las regiones altas, como limitaciones en el oxígeno, baja temperatura con  variaciones diurnas, baja conductividad y altos contenidos de carbón orgánico.

La hidrografía del parque se encuentra distribuida en diez microcuencas, cuyo drenaje de los ríos son de tipo dendrítico como el caso del Río Mazán; de tipo pluma o ala como es el caso del Río Luspa y ríos de tipo palma como es el caso del Río Llaviucu.

De estas diez microcuencas, la mitad dirige sus aguas hacia la vertiente Atlántica y la otra hacia la vertiente del Pacífico. El sistema está agrupado en cuatro subcuencas siendo la subcuenca del Río Tomebamba y la del Río Yanuncay las que más superficie ocupa dentro del Parque Nacional Cajas.

La Empresa ETAPA EP realiza un monitoreo continuo de los ríos en cada una de las microcuencas dentro del PN Cajas, cuyos estudios están basados en el monitoreo de la integridad biótica (usando macroinvertebrados acuáticos como bioindicadores) y de la calidad físico-química del agua. Los resultados muestran que los cursos de agua en el Cajas se encuentran en un estado ecológico de excelente, con muy poca alteración  de los ecosistemas acuáticos. Los parámetros físico químicos de calidad del agua están dentro de los límites establecidos por la normativa ecuatoriana para aguas de consumo humano con tratamiento convencional. En la gran mayoría de los ríos del Parque Cajas la calidad del agua es categorizada como excelente.